海关查验主要查货物是否和申报的一样、是否有走私、有无瞒报伪报和申报不实。商检查验主要查质量、卫生。

      海关查验的目的，一是通过核对实际进出口货物与报关单证来验证申报环节所申报的内容与查验的单、货是否一致，通过实际的查验发现申报审单环节所不能发现的有无瞒报、伪报和申报不实等走私违规事情或其他进出口问题。二是通过查验可以验证申报审单环节提出的疑点，为征税、统计和后续管理提供可靠的监管依据。

       海关查验是一段时期内海关布控的， 企业分类等级较低的（海关查验）； 或者木制外包装商检查验IPPC, 进口CCC商品（商检查验）等。

       海关查验按进口比例抽查。

       商检查验的内容是括商品的质量、规格、数量、重量、包装以及是否符合安全、卫生要求。商检分3种，商品检验检疫，动植物检验检疫， 国境卫生监督。

       商检查验不是针对所有商品，商检目录外的产品不属于商检查验。